"Báo hại" vi khuẩn có lợi Một trong những mặt trái của việc lạm dụng thuốc kháng sinh dài kỳ là gây hại cho khuẩn thân thiện. Thực tế, kháng sinh có phổ rộng tiêu diệt cả vi khuẩn xấu và tốt. Vì vậy nếu dùng không đúng hướng dẫn, lạm dụng sẽ tiêu diệt cả khuẩn có lợi có trong đường ruột, làm mất cân bằng mang tính tự nhiên của cơ thể. Một khi bị mất cân bằng, khuẩn xấu hoành hành, dễ phát sinh nhiều bệnh nan y, như rối loạn dạ dày, làm cho các chứng bệnh nghiêm trọng hơn và làm giảm hiệu quả của thuốc kháng sinh. Tăng nguy cơ mắc bệnh tự miễn đường ruột Bệnh tự miễn xảy ra một khi hệ miễn dịch cơ thể không làm đúng chức năng. Lạm dụng kháng sinh dài kỳ có thể phá vỡ sự cân bằng này, gây ảnh hưởng đến hệ miễn dịch và một khi bị tổn thương, có thể dẫn đến rối loạn tự miễn hoặc phát sinh bệnh mạn tính hoặc nhiễm trùng.
